输入文件示例

h5ad数据格式说明

• st.h5ad：空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含原始表达矩阵、空间坐标、细胞类型注释等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。

cellchat输入文件说明(非必须)

pathway.file文件格式说明：

• pathway.txt：自定义通路文件，无表头，每行一个通路名。

COLLAGEN
FN1
LAMININ
JA

cellphonedb输入文件说明(非必须)

microenvs_file_path文件格式说明：

• microenvs.txt：自定义微环境文件，有表头，每行有两列，分别为细胞类型和空间微环境，列之间以tab键分隔。

cell_type	microenvironment
PV MMP11	Env1
PV MYH11	Env1
PV STEAP4	Env1

active_tfs_file_path文件格式说明：

• active_tfs.txt：自定义活性转录因子文件，有表头，每行有两列，分别为细胞类型和TF，列之间以tab键分隔。

cell_type	TF
EVT_1	ASCL2
EVT_1	ELK3
EVT_1	GATA3

degs_file_path文件格式说明：

• degs_file.txt: 自定义差异表达基因文件，有表头，列之间以tab键分隔。只提供表达上调的差异基因，前两列必须是细胞类型和基因，其他列非必须。

cell_type	gene	logFC	P.Value	adj.P.Val
GC	BGN	1.605019	3.950450e-131	4.844832e-127
GC	HLA-G	1.412923	5.616884e-254	6.888547e-250
GC	B2M	1.358709	0.000000e+00	0.000000e+00

cellphonedb_database数据库说明

• SDAS内置数据库来源 ：https://github.com/ventolab/cellphonedb-data/tree/master，数据库版本为v5.0.0

• 自定义构建数据库可参考cellphonedb官网tutorial： https://github.com/ventolab/CellphoneDB/blob/master/notebooks/T0_BuildDBfromFiles.ipynb