# 输入文件示例

## h5ad数据格式说明

* `st.h5ad`：空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含**原始表达矩阵**、**空间坐标、细胞类型注释**等信息。具体请参考[SDAS输入数据格式描述](https://mysite.gitbook.io/sdas_manual_cn/readme/04_manual/sdas_input)。

## **cellchat**输入文件说明(非必须)

### **pathway**.file文件格式说明**：**

* `pathway.txt`：自定义通路文件，无表头，每行一个通路名。

<table data-header-hidden><thead><tr><th width="114.54541015625"></th></tr></thead><tbody><tr><td>COLLAGEN</td></tr><tr><td>FN1</td></tr><tr><td>LAMININ</td></tr><tr><td>JA</td></tr></tbody></table>

## **cellphonedb**输入文件说明(非必须)

### **microenvs\_file\_path**文件格式说&#x660E;**：**

* `microenvs.txt`：自定义微环境文件，有表头，每行有两列，分别为细胞类型和空间微环境，列之间以tab键分隔。

| cell\_type | microenvironment |
| ---------- | ---------------- |
| PV MMP11   | Env1             |
| PV MYH11   | Env1             |
| PV STEAP4  | Env1             |

### **active\_tfs\_file\_path**文件格式说&#x660E;**：**

* `active_tfs.txt`：自定义活性转录因子文件，有表头，每行有两列，分别为细胞类型和TF，列之间以tab键分隔。

| cell\_type | TF    |
| ---------- | ----- |
| EVT\_1     | ASCL2 |
| EVT\_1     | ELK3  |
| EVT\_1     | GATA3 |

### **degs\_file\_path**文件格式说&#x660E;**：**

* `degs_file.txt`: 自定义差异表达基因文件，有表头，列之间以tab键分隔。只提供表达上调的差异基因，前两列必须是细胞类型和基因，其他列非必须。

| cell\_type | gene  | logFC    | P.Value       | adj.P.Val     |
| ---------- | ----- | -------- | ------------- | ------------- |
| GC         | BGN   | 1.605019 | 3.950450e-131 | 4.844832e-127 |
| GC         | HLA-G | 1.412923 | 5.616884e-254 | 6.888547e-250 |
| GC         | B2M   | 1.358709 | 0.000000e+00  | 0.000000e+00  |

### cellphonedb\_database数据库说明

* **SDAS内置数据库来源** ：<https://github.com/ventolab/cellphonedb-data/tree/master，数据库版本为v5.0.0>
* **自定义构建数据库可参考cellphonedb官网tutorial**：\
  <https://github.com/ventolab/CellphoneDB/blob/master/notebooks/T0\\_BuildDBfromFiles.ipynb>