# 输入文件示例

## 表达矩阵文件格式说明

* `st.rds`：空间转录组表达矩阵Seurat对象，要求包含**原始表达矩阵**、**基因名**等信息。具体请参考[SDAS输入数据格式描述](https://mysite.gitbook.io/sdas_manual_cn/readme/04_manual/sdas_input)。**多片**空转数据可以提供自定义的slice\_key，默认为'sampleID'，用于画图 (在cell2location中也用于提供批次信息)。如果不提供，则当做单片处理。
* `st.h5ad`：空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含**空间坐标**信息，与`st.rds`的细胞名称（cell index）保持一致，用于空间热图绘制。具体请参考[SDAS输入数据格式描述](https://mysite.gitbook.io/sdas_manual_cn/readme/04_manual/sdas_input)

## 基因染色体位置文件格式说明(非必须)

* `--gene_order_file`用户自定义基因染色体位置信息文件，可由 [gtf\_to\_position\_file.py](https://github.com/broadinstitute/infercnv/blob/master/scripts/gtf_to_position_file.py) 生成。
  * `--species`参数指定的人/小鼠的gene\_order\_file文件来源，行名均为gene symbol：
    * human：GRCh38.p12- NCBI:GCA\_000001405.27
    * mouse：GRCm38.p6-NCBI:GCA\_000001635.8

| Gene\_symbol | chr | start | end   |
| ------------ | --- | ----- | ----- |
| MIR1302-2HG  | 1   | 29554 | 31109 |
| FAM138A      | 1   | 34554 | 36081 |
| ...          | ... | ...   | ...   |