输入文件示例

表达矩阵文件格式说明

• st.rds：空间转录组表达矩阵Seurat对象，要求包含原始表达矩阵、基因名等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。多片空转数据可以提供自定义的slice_key，默认为'sampleID'，用于画图 (在cell2location中也用于提供批次信息)。如果不提供，则当做单片处理。

• st.h5ad：空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含空间坐标信息，与st.rds的细胞名称（cell index）保持一致，用于空间热图绘制。具体请参考SDAS输入数据格式描述

基因染色体位置文件格式说明(非必须)

• --gene_order_file用户自定义基因染色体位置信息文件，可由 gtf_to_position_file.py 生成。

  • --species参数指定的人/小鼠的gene_order_file文件来源，行名均为gene symbol：

    • human：GRCh38.p12- NCBI:GCA_000001405.27

    • mouse：GRCm38.p6-NCBI:GCA_000001635.8

Gene_symbol	chr	start	end
MIR1302-2HG	1	29554	31109
FAM138A	1	34554	36081
...	...	...	...