输入文件示例
h5ad数据格式说明
st.h5ad
:空间转录组表达矩阵AnnData对象,要求包含原始表达矩阵、空间坐标等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。
莫兰指数文件格式说明(非必须)
./moran.csv
:已经计算好的基因莫兰指数文件,(包含了squidpy分析的Moran's I 指数分析的结果,前2列为必需列:与h5ad一致的基因名称和moranI),以逗号分隔,示例内容如下:
moranI
pval_norm
var_norm
pval_norm_fdr_bh
real_gene_name
ENSG00000164433
0.8273024881077159
0.0
0.0
0.0001022749701474042
FABP5
ENSG00000106078
0.8203151436536835
0.0
0.0
0.0001022749701474042
STX3
ENSG00000170260
0.7993499975159156
0.0
0.0
0.0001022749701474042
HSPB1
ENSG00000163220
0.797949719212986
0.0
0.0
0.0001022749701474042
S100A9
ENSG00000187021
0.7868677451739036
0.0
0.0
0.0001022749701474042
NTS
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