性能测试

Stereo-seq测试数据

我们共测试了11个样本，包括小鼠大脑和多种人类肿瘤样本。每个样本测试了cellbin、bin20、bin50和bin100（若可用）。bin20数据的基因数约100至900。

	Cellbin	Bin20	Bin50	Bin100
基因数量	300~1千	100-900	600-4千	1.9千以上
细胞数量	30万-40万	50万-70万	8万-12万	2万-3万

运行时间与内存占用

• NeSt/hotspot/hdWGCNA算法使用n_cpus控制并行线程数，该性能测试使用n_cpus=8。

• 运行时间和内存需求与细胞及基因数量呈显著正相关，即数据规模越大，计算耗时和内存占用越高。

• 运行时间：hotspot > nest/hdWGCNA

• 内存：nestt/hdWGCNA > hotspot