输入文件示例

表达矩阵文件格式说明

• st.h5ad：SAW生成的单片或多片空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含原始表达矩阵、空间坐标等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。

• st.h5mu：SAW aggr输出的多模态数据文件，可通过h5mu2h5ad转换为h5ad。

• mult.csv：多片合并时的输入文件。

  • 首行以#开头为表头，内容包括样本名、分组信息、h5ad绝对路径，以逗号分隔，示例内容如下：

  • 合并后的adata文件中，样本和分组信息分别存于adata.obs['sampleID']和adata.obs['group']

#sample,group,path
sample1,groupA,sample1.h5ad.path
sample2,groupB,sample2.h5ad.path