SDAS输入数据格式描述
用户可以直接使用SAW生成的单片或多片空间转录组表达矩阵,也可以按照如下h5ad和rds格式说明自行准备文件,作为SDAS的输入。更多细节格式描述可参考各模块使用说明。
h5ad文件:为anndata对象
原始表达矩阵: 可存在adata.layers(在SDAS命令行中通过--layer参数来指定key), 或者存在adata.raw.X, adata.X
基因名(即gene symbol):可存在adata.var["real_gene_name"],或adata.var的其他列(在SDAS命令行中通过--gene_symbol_key来指定key)
空间坐标(x,y) :存在adata.obsm["spatial"] ,用于scanpy.pl.spatial()绘制空间图或者参与空间距离计算。坐标系需符合SAW软件的标准输出格式,单位为时空芯片的像素。
空间坐标示例(Stereo-seq数据,bin100分辨率):
print(adata.obsm["spatial"]) # 输出格式:[x坐标, y坐标] [[100 7900] # 第一个空间点的坐标 [100 8000] # 第二个空间点的坐标 [100 8100] # 第三个空间点的坐标 ... [20200 18800] # 倒数第三个空间点的坐标 [20200 18900] # 倒数第二个空间点的坐标 [20200 19000]] # 最后一个空间点的坐标
rds文件: 为Seurat v4 assay对象
原始表达矩阵: 存在默认assay的counts中(如@assays$RNA@counts),或者在SDAS中通过--assay指定assay名
基因名(即gene symbol): 可存在meta.features[“real_gene_name”],或meta.features的其他列(在SDAS中通过--gene_symbol_key来指定key)
空间坐标(x,y):存在@reductions$spatial中,用于FeaturePlot(reduction=“spatial”),DimPlot(reduction = “spatial”) 画空间图
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