SDAS输入数据格式描述

用户可以直接使用SAW生成的单片或多片空间转录组表达矩阵，也可以按照如下h5ad和rds格式说明自行准备文件，作为SDAS的输入。更多细节格式描述可参考各模块使用说明。

h5ad文件：为anndata对象

1. 原始表达矩阵: 可存在adata.layers（在SDAS命令行中通过--layer参数来指定key）， 或者存在adata.raw.X, adata.X

2. 基因名（即gene symbol）：可存在adata.var["real_gene_name"]，或adata.var的其他列（在SDAS命令行中通过--gene_symbol_key来指定key）

3. 空间坐标（x,y） ：存在adata.obsm["spatial"] ，用于scanpy.pl.spatial()绘制空间图或者参与空间距离计算。坐标系需符合SAW软件的标准输出格式，单位为时空芯片的像素。

   空间坐标示例（Stereo-seq数据，bin100分辨率）：

   print(adata.obsm["spatial"])
   # 输出格式：[x坐标, y坐标]
   [[100 7900]    # 第一个空间点的坐标
   [100 8000]     # 第二个空间点的坐标
   [100 8100]     # 第三个空间点的坐标
   ...
   [20200 18800]  # 倒数第三个空间点的坐标
   [20200 18900]  # 倒数第二个空间点的坐标
   [20200 19000]] # 最后一个空间点的坐标

rds文件： 为Seurat v4 assay对象

1. 原始表达矩阵: 存在默认assay的counts中(如@assays$RNA@counts)，或者在SDAS中通过--assay指定assay名

2. 基因名（即gene symbol）： 可存在meta.features[“real_gene_name”]，或meta.features的其他列（在SDAS中通过--gene_symbol_key来指定key）

3. 空间坐标（x,y）：存在@reductions$spatial中，用于FeaturePlot(reduction=“spatial”），DimPlot(reduction = “spatial”) 画空间图