性能测试

Stereo-seq测试数据

样本	细胞数目	细胞类群(个)
sample1_bin100	17,884	29
sample1_bin50	70,761	38
sample1_bin20	439,383	39
sample1_cellbin	134,703	39
sample2_bin100	23,061	11
sample2_bin50	91,106	11
sample2_bin20	5,643,322	11

运行时间与内存占用

• Squidpy：运行时间/内存随着细胞数增加而增大，不同binsize运行时间均在1小时以内可完成， bin20的内存会显著增加；

• CRAWDAD：运行时间/内存随着细胞数增加而增大，不同binsize内存均在10G以内，bin20的运行时间会显著增加；

• CRAWDAD：运行时间受--crawdad_perms影响极大，增加此值会提高p值的准确性但增加计算时间。默认推荐10