输入文件示例

h5ad数据格式说明

• test.h5ad：空间转录组表达矩阵AnnData对象，要求包含原始表达矩阵、细胞类型注释等信息。具体请参考SDAS输入数据格式描述。

celltype_list细胞类型列表文件（非必须）

• celltype_list.txt:自定义细胞类型列表文件，无表头，每行一个细胞类型

Fibroblast
T/NK

TF_list转录因子列表文件（非必须）

• TF_list.txt:自定义转录因子列表文件，无表头，每行一个转录因子

CLOCK(+)
E2F3(+)
EBF1(+)
E1S1(+)

转录因子数据库说明

• 内置数据库来源：

  • 转录因子列表（TF list）：包含目标物种的所有已知转录因子基因名https://github.com/aertslab/pySCENIC/tree/master/resources

  • 参考数据库（Feather文件）：存储基因与转录因子结合位点（motif）的调控潜能排序。https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/

  • 转录因子注释文件：关联 motif 与对应转录因子的映射关系。https://resources.aertslab.org/cistarget/motif2tf/

• 自定义数据库构建可参考：

  • pySCENIC官方文档：https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/

  • CistTarget数据库说明：https://resources.aertslab.org/cistarget/