SDAS使用手册
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  • 时空数据分析软件(SDAS)使用手册
    • 软件简介
    • 安装指南
    • 快速入门
    • 各功能模块使用说明
      • SDAS输入数据格式描述
      • 性能测试环境和数据描述
      • 数据处理
        • 简介
        • 输入文件示例
        • 运行命令说明
      • 细胞类型注释
        • 简介
        • h5ad数据格式说明
        • cell2location算法
          • 构建单细胞参考数据
          • 细胞注释
        • RCTD算法
        • Tangram算法
        • SCimilarity算法
          • 构建单细胞参考数据 (非必须)
          • 细胞注释
        • SPOTlight算法
        • 性能测试
      • 空间结构域识别
        • 简介
        • h5ad数据格式说明
        • graphST算法
        • 性能测试
      • 细胞邻域分析
        • 简介
        • 单一细胞类型模式
        • 细胞类型分数模式
        • 性能测试
      • CNV分析
        • 简介
        • 输入文件示例
        • InferCNV算法
        • 性能测试
      • 空间基因共表达
        • 简介
        • 输入文件示例
        • hdWGCNA算法
        • Hotspot算法
        • NeST算法
        • 性能测试
      • 差异基因分析
        • 简介
        • 输入文件示例
        • 单细胞/pseudobulk差异分析
        • 性能测试
      • 基因富集分析
        • 简介
        • 输入文件示例
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        • GSVA算法
        • Enrichr算法
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        • 性能测试
      • 蛋白互作网络分析
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        • 输入文件示例
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      • 细胞通讯分析
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        • 输入文件示例
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        • cellphonedb算法
        • 性能测试
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        • 输入文件示例
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        • 性能测试
      • 转录因子分析
        • 简介
        • 输入文件示例
        • pyscenic算法
        • 性能测试
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        • 输入文件示例
        • Squidpy算法
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        • 性能测试
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        • 免疫浸润分析模块
        • 基因集评分模块
        • 生存分析模块
    • 流程示例
      • 集群投递模式
      • 单机服务器模式
    • 版本说明
    • 技术支持
      • 常见问题
      • SDAS日志和退出码规范
      • SAW aggr(alpha ver.)流程介绍
      • 参考文献及Github
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  2. 各功能模块使用说明

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