常见问题

1. 输入文件的格式是什么样的？

答：SDAS支持SAW count，SAW gef2h5ad，SAW aggr(alpha ver.)的输出文件；同时支持用户按照SDAS输入数据格式描述自行准备的文件。

2. 细胞注释模块有5种算法，Spotlight\cell2location\RCTD\Tangram均需要对应的scRNA-Seq数据，SDAS是否提供，如果不提供，用户应该如何准备？

答：SDAS软件暂时不提供细胞注释的单细胞数据，用户需要按照使用手册中的格式说明来准备h5ad文件。

3. SDAS中的各模块支持scRNA-Seq数据分析吗，如果支持，用户应该如何准备单细胞数据？

答：SDAS中的dataProcess，DEG, geneSetEnrichment, inferCNV，CCI, trajectory，转录因子分析模块均支持scRNA-Seq数据分析，用户按照使用手册准备输入文件（h5ad或rds）即可。

4. 基于SDAS各模块输出结果，进行可视化作图，是否有支持方案？

答：SDAS的每个模块具有独立的环境，且每个环境中安装有jupyter kernel（ipykernel/IRkernel），支持用户直接调用该环境使用Jupyter Notebook等交互式环境画图。