# graphST算法

## 运行方式

```bash
SDAS spatialDomain graphst –i st.h5ad –o outdir  --n_clusters 10 --bin_size 100 \
 --gpu_id 1 --n_hvg 3000
```

## 输入参数说明

| 参数                | 是否必须  | 默认值    | 描述                                                  |
| ----------------- | ----- | ------ | --------------------------------------------------- |
| **-i / --input**  | **是** |        | Stereo-seq h5ad，要求有原始表达矩阵                           |
| **-o / --output** | **是** |        | 输出文件夹                                               |
| **--n\_clusters** | **是** |        | 聚类数目                                                |
| **--bin\_size**   | **是** |        | Bin大小，用于控制图中点的大小，不用于计算,比如20,50,100, cellbin (等效于20) |
| --tool            | 否     | mclust | Graphst所选的聚类方法，可选'mclust', 'leiden', louvain'       |
| --layer           | 否     |        | 指定Stereo-seq h5ad存放raw counts的layer                 |
| --n\_hvg          | 否     | 3000   | 使用的高变基因数                                            |
| --slice\_key      | 否     |        | 多片h5ad.obs中表示片编号的列的名称，如果是多片，必须指定\*                  |
| --gpu\_id         | 否     | -1     | 使用的GPU的编号，如果为-1，则使用CPU                              |
| --seed            | 否     | 42     | 随机种子设置                                              |

\*符合下列情况，可以进行多片分析：

1. 邻片，组织纵向切片，做空间域分析前，需要进行邻片配准，参数slice\_key设置为h5ad的obs中记录多片的key。
2. 同一个组织切片，在水平方向上分成若干连续多片，分开测序，需要多片在水平方向上配准。

具体可参考：

1. <https://deepst-tutorials.readthedocs.io/en/latest/Tutorial%204\\_Horizontal%20Integration.html> （邻片）
2. <https://deepst-tutorials.readthedocs.io/en/latest/Tutorial%205\\_Vertical%20Integration.html> （水平方向）

## 输出结果展示

| 结果文件                                        | 描述                                             |
| ------------------------------------------- | ---------------------------------------------- |
| `<input_name>_domain_graphst.h5ad`          | 输入h5ad+空间域聚类结果，聚类结果保存在obs\['domain\_graphst']中 |
| `<input_name>_domain_graphst.png/pdf`       | 空间域cluster在组织上的分布图，同时输出png和pdf                 |
| `<input_name>_domain_graphst_split.png/pdf` | 空间域不同cluster分开展示的图，同时输出png和pdf                 |

* **空间域cluster在组织上的分布图**：`<input_name>_domain_graphst.png/pdf`颜色代表每个bin/cellbin的空间结构域类型

<figure><img src="https://2512275466-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FaaKaKxoqTIFT7FAUUQFl%2Fuploads%2FJgjcT0bEThoDnAYGQu8k%2Finput_domain_graphst.png?alt=media&#x26;token=eac14efa-f22c-4a49-81ce-7ec0967bf97a" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* **空间域cluster在组织上分开的分布图**: `<input_name>_domain_graphst_split.png/pdf`颜色代表每个bin/cellbin的空间结构域类型，标题为空间结构域类型（细胞个数）