Enrichr算法

用途与运行方式

• 场景一：对SDAS DEG分析得到的显著差异基因富集分析

  SDAS geneSetEnrichment enrichr \
  -i de_t-test.anno_rctd.SmoothMuscle-vs-Endo.sig_filtered.csv -o outdir \
  --species human

• 场景二：只用感兴趣的数据库进行显著差异基因的富集分析

  SDAS geneSetEnrichment enrichr \
  -i de_t-test.anno_rctd.SmoothMuscle-vs-Endo.sig_filtered.csv -o outdir \
  --gmt sdas_deg_enrichment/lib/GSEADB/KEGG_2021_Human.gmt

输入参数说明

enrichr参数	是否必须	默认值	描述
-i / --input	是		SDAS DEG 分析得到的sig_filtered.csv文件
-o / --output	是		结果存放路径
--species	否	human	指定物种的数据库，'human' 或 'mouse'，默认 'human'，当指定--gmt参数时，该参数不起作用
--gmt	否		gmt格式的数据库文件，其中gene name信息必须转为大写，多个文件时用','隔开，不提供时使用--species参数指定的物种数据库
--cut_off	否	1	富集结果作图时过滤的pvalue阈值，默认值为1，设太小可能会由于没有显著富集结果导致无法作图
--background	否		设定富集分析时使用的background，默认为所用数据库的gene数
--top_term	否	10	筛选top数量的通路进行作图，默认10
-v / --verbose	否		启用详细模式，打印任务进度。默认：False

输出结果展示

enrichr结果文件	描述
enrichment_{database}.UP.csv	上调基因的富集分析结果
enrichment_{database}.DOWN.csv	下调基因的富集分析结果
enrichment_{database}.pdf/png	上调和下调基因显著富集通路图

• 上/下调基因的富集分析结果: enrichment_{database}.UP/DOWN.csv ，分别对上调和下调基因进行富集分析的结果文件，文件包含Gene_set,Term,Overlap,P-value,Adjusted P-value,Odds Ratio,Combined Score,Genes这几列，分别表示基因集所属的数据库名称、具体的功能通路名称、输入基因列表中与该基因集重叠的基因数量及比例、富集分析的原始显著性p值、校正后的p值、衡量输入基因在基因集中富集的强度值、综合评分、输入基因中与该基因集重叠的具体基因名称。

Gene_set	Term	Overlap	P-value	Adjusted P-value	Odds Ratio	Combined Score	Genes
KEGG_2021_Human.gmt	ABC transporters	43/45	0.00026880161509715636	0.002529897553855589	5.888896293211162	48.41577841510133	ABCA3;ABCB4;...
KEGG_2021_Human.gmt	AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications	90/100	0.00011055669162020043	0.0013606977430178514	2.928493469422023	26.678523151510976	AKT1;PLCB1;...
KEGG_2021_Human.gmt	AMPK signaling pathway	107/120	6.61066069653723e-05	0.0009525689822440243	2.709298083129859	26.074940028325518	AKT1;CREB3;...
...	...	...	...	...	...	...	...

• 富集分析结果条形图：enrichment_{database}.pdf/png不同颜色分别表示上下调基因最富集的top通路。