cellphonedb算法
用途
使用cellphonedb进行细胞通讯分析
运行方式
SDAS CCI cellphonedb -i st.h5ad --label_key anno_spotlight -o outdir \
--method statistical \
--counts_data hgnc_symbol \
--species human输入参数说明
-i / --input
是
h5ad文件，要求有原始表达矩阵
-o / --output
是
输出文件夹
--label_key
是
细胞类群的列名
--method
否
statistical
分析方法，可选simple，statistical，degs
--layer
否
h5ad存有原始表达矩阵的layer名称
--counts_data
否
hgnc_symbol
adata.var.index类型，可选hgnc_symbol，ensembl，gene_name
--threshold
否
0.1
表达特定配体/受体的细胞百分比阈值，默认0.1即10%
--species
否
human
SDAS内置的cellphonedb的human数据库，数据库版本为v5.0.0, 当指定--cellphonedb_databa时，该参数不起作用
--cellphonedb_database
否
用户自定义cellphonedb数据库文件路径
--pvalue
否
0.05
显著性阈值（筛选p≤pvalue的互作对），method为statistical时的参数
--subsampling
否
是否降采样，subsampling，method为statistical时的参数
--subsampling_num_cells
否
降采样细胞数,默认为1/3 cells，使用--subsampling时生效，method为statistical时的参数
--microenvs_file_path
否
微环境文件路径（两列：细胞类型、空间微环境）
--active_tfs_file_path
否
活性转录因子文件路径（两列：细胞类型、TF）
--degs_file_path
否
差异表达基因文件路径（两列：细胞类型、差异基因），method为degs时必须提供
--n_cpus
否
8
线程数
--seed
否
42
随机种子
输出结果展示
simple_analysis_means_result_<input_name>.txt
statistical_analysis_means_result_<input_name>.txt
degs_analysis_means_result_<input_name>.txt
所有配体-受体对的平均表达量是矩阵。每一行为一个配体-受体对，每一列为细胞类型组合，数值为平均表达量
simple_analysis_deconvoluted_<input_name>.txt
statistical_analysis_deconvoluted_<input_name>.txt
degs_analysis_deconvoluted_<input_name>.txt
各细胞类型的平均表达量，用于展示每个细胞类型的表达情况
simple_analysis_deconvoluted_percents_<input_name>.txt
statistical_analysis_deconvoluted_percents_<input_name>.txt
degs_analysis_deconvoluted_percents_<input_name>.txt
各细胞类型的表达比例，反映每个配体-受体对在不同细胞类型中的表达百分比
simple_analysis_interaction_scores_<input_name>.txt
statistical_analysis_interaction_scores_<input_name>.txt
degs_analysis_interaction_scores_<input_name>.txt
细胞类型间交互强度评分，数值越大表示细胞间的配受体互作越强
statistical_analysis_significant_means_<input_name>.txt
degs_analysis_significant_means_<input_name>.txt
显著交互的平均表达量
statistical_analysis_pvalues_<input_name>.txt
statistical方法下，所有配体-受体对的显著性p值矩阵
cellphonedb_heatmap_<input_name>.png/pdf
显著交互热图，展示所有细胞类群间显著配受体互作的强度，颜色深浅反映交互强度，当method为statistical和degs时输出
cellphonedb输出的显著互作热图：
cellphonedb_heatmap_<input_name>.png/pdf展示所有细胞类群间显著配受体互作的热图，颜色深浅反映交互强度。 横轴和纵轴均为细胞类群，颜色深浅表示配受体互作强度，颜色越深表示互作越强。可快速比较不同细胞类群间的通讯活跃程度
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