pyscenic算法

用途

本模块基于pyscenic分析细胞-基因表达矩阵，预测转录因子（TFs）与靶基因之间的相互作用

运行方式

SDAS TF --input test.h5ad --output TF_result --label_key anno_cell2location --slice_key group --celltype_list celltype.txt --species human --n_cpus 24

输入参数说明

参数	是否必须	默认值	描述
-i/--input	是		输入h5ad文件（可经过筛选后的）
-o/--output	是		输出文件夹，未创建则自动新建
--label_key	是		指定h5ad.obs中细胞类型或分组的obs列名
--gene_symbol_key	否	real_gene_name	指定h5ad中表示基因名(symbol)的列名
--slice_key	否		多h5ad.obs中分层分组的列名
--celltype_list	否		需分析的细胞亚型列表文件路径。至少指定2种细胞类型，否则画图会报错。
--TF_list	否		需关注的TF列表文件路径
--species	否	human	物种，human/mouse
--db_names	否		motif/调控数据库文件路径，例hg38/10kbp*.feather
--motif	否		motif注释文件路径，例hg38/motifs-*.tbl
--n_cpus	否	24	并行线程数
--method	否	grnboost2	GRN推断方法，grnboost2/genie3

输出结果展示

结果文件	描述
<input>_filtered.h5ad	（中间文件）使用目标celltype类型筛选后的h5ad文件
<input>.loom	（中间文件）基于h5ad构建的细胞-基因表达矩阵文件，pyscenic输入文件
adj.tsv	（中间文件）pyscenic构建的基因调控网络边文件，用于pyscenic ctx 构建TF-targets网络
sce_regulon.gmt	（中间文件）pyscenic构建的TF-targets网络，用于pyscenic aucell 计算Regulons（调控子）活性
sce_regulon_AUC.loom	pyscenic输出的regulon调控结果文件，每个细胞的活性得分, 用于后续可视化
Regulon_Heatmap.png/pdf	regulon活性热图，展示各细胞/分组的regulon活性
Binary_Regulon_Heatmap.png/pdf	regulon二值化活性热图，便于细胞亚群特异性分析
RSS.pdf/RSS_group*.png/pdf	regulon特异性得分RSS热图/分组热图
Spatial_Activity_Maps.png/pdf	regulon在空间上的活性热图，仅在--TF_list参数指定后绘制

• regulon活性热图: Regulon_Heatmap.png/pdf 每行一个regulon，每列一个细胞/分组，颜色表示AUC活性得分。用于比较同一Regulons在不同细胞中的活性，寻找Regulons特异性活化的细胞亚群等。

• regulon二值化活性热图:Binary_Regulon_Heatmap.png/pdf regulon活性二值化后热图，黑色即该细胞开放该Regulons，便于细胞亚群特异性分析。

• regulon特异性得分RSS热图/分组热图: RSS.png/pdf RSS_group*.png/pdfregulon在不同分组/细胞类型中的特异性得分RSS热图。圆圈大小表示RSS高低，颜色梯度表示标准化后的Z值大小；每行对应一个调控子，每列对应一种细胞类型。同一细胞类型内可直接比较调控子的特异性RSS，不同细胞类型可比较Z值。

• regulon空间活性热图: Spatial_Activity_Maps.png/pdf regulon在空间上的活性分布，仅在空间转录组数据及输入--TF_list参数时输出。