性能测试

运行时间与内存占用

建议:pyscenic构建转录因子与基因之间的共表达网络需要用到随机森林算法,当细胞数增加时,运行时间和内存指数增加。 推荐分析时,针对目标细胞先进行筛选再进行分析

  • 运行时间和内存与细胞数成正比,细胞数越多,资源需求越高

  • 推荐优先筛选目标细胞亚群后分析

  • 参考性能(n_cpus=24)

样本
细胞数
运行时间(h)
内存(G)

sample1

20629

7.8

23

sample2

21500

13.7

29

sample3

81843

23

79

sample4

84510

37.5

108

sample5

321856

>96

>200

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